Proponowane obecnie przez Ministra Finansów rozwiązania nakładają bardzo duże obciążenia na handel paliwami. Oznacza to, że mimo niskich cen ropy, po wprowadzeniu podatku, ceny na stacjach mogą znacznie wzrosnąć.

Polska Organizacja Przemysłu i Handlu Naftowego, zrzeszająca główne podmioty działające w produkcji i handlu paliwami ciekłymi w Polsce, zaapelowała do rządu o uwzględnienie specyfiki handlu paliwami i wyłączenie paliw spod ustawy o podatku od sprzedaży detalicznej.

Proponowane obecnie przez Ministra Finansów rozwiązania nakładają nieproporcjonalnie duże obciążenia na handel paliwami.  Marże w obrocie detalicznym paliwami znajdują się od lat na niskim poziomie – na przestrzeni ostatnich 5 lat wynoszą one dla benzyny i oleju napędowego średnio 2,6%. Już obecnie podatki stanowią ponad 50% ceny podstawowych paliw.  W przypadku benzyn stanowią one ok. 55% ceny (akcyza 33%, VAT 19%, opłata paliwowa 3%), zaś w przypadku oleju napędowego ok. 51% (akcyza 26%, VAT 19%, opłata paliwowa 6%). Dodatkowe koszty są wynikiem obowiązku realizacji Narodowego Celu Wskaźnikowego (wprowadzanie biopaliw), zapasów obowiązkowych, a także opłat koncesyjnych, środowiskowych i dozorowych. W tej sytuacji podatek od obrotu detalicznego w przypadku sprzedaży paliw staje się de facto podatkiem od innych podatków i zobowiązań cywilnoprawnych. Wątpliwości może też budzić zgodność proponowanych rozwiązań z tzw. dyrektywą horyzontalną, dotyczącą towarów akcyzowych.

Branża paliwowa postanowiła wnioskować o wyłączenie sprzedaży paliw spod proponowanych rozwiązań – podobnie, jak to ma miejsce w przypadku takich nośników energii, jak gaz ziemny czy energia elektryczna. Zdaniem jej przedstawicieli, nowy podatek szczególnie negatywnie uderzy w stacje paliw i jej klientów. Wpłynie na to m.in. obciążenie sprzedaży  w soboty, niedziele i inne ustawowo dni wolne od pracy specjalną, najwyższą stawką. Objęcie sprzedaży paliw podwyższoną stawką podatku w tych dniach może spowodować podjęcie przez niektórych właścicieli decyzji o ich zamknięciu w te dni, a co za tym idzie skutkować trudnościami w tankowaniu pojazdów na niektórych obszarach kraju.

Pierwotna wersja projektu (z dnia 15 września 2015 r.) przewidywała wyłączenie spod opodatkowania sprzedaży paliw, przez co branża paliwowa liczyła na zachowanie tego wyłączenia w ostatecznej wersji projektu.